Ngày 28 tháng 4 âm lịch năm Sùng Trinh thứ 17 (1644), Chu Do Tung đến Phổ Khẩu, Ngụy quốc công Từ Hoằng Cơ ra nghênh đón. Ngày 30 tháng 4, bách quan Nam Kinh nghênh kiến Chu Do Tung ở bến Long Giang quan, mời ông giám quốc. Chu Do Tung đầu đội giác cân, mặc áo vải ngồi trên giường cố thoái thác. Các quan cố khuyên, ông bèn đồng ý.

Ngày 1 tháng 5, Chu Do Tung tự mình cưỡi ngựa đi từ Tam Sơn môn về phía đông bái yết Hiếu lăng (lăng Minh Thái Tổ), lăng Ý Văn Thái tử, điện Phụng Tiên và tới hành cung ở Nam Kinh. Ngày 2 tháng 5, quần thần vào hành cung khuyên ông tức vị, Chu Do Tung cho tìm Thái tử, Vĩnh vương, Định vương (các con của Tư Tông) đang không rõ tung tích, và Thụy vương, Huệ vương, Quế vương (các con của Thần Tông), chọn người hiền tài. Ngày 3 tháng 5, các quan ba lần cố khuyên ông nên theo lối Minh Đại Tông giám quốc, sớm hôm sau đều từ cửa Đại Minh vào Đại nội tới Vũ Anh điện hành lễ giám quốc. Cùng ngày, Ngô Tam Quế dẫn Nhiếp chính vương nhà Thanh là Đa Nhĩ Cổn vào Bắc Kinh.

Ngày 15 tháng 5 âm lịch năm Sùng Trinh thứ 17, Chu Do Tung lên ngôi Hoàng đế tại điện Vũ Anh, lấy năm sau là Hoằng Quang nguyên niên, quốc hiệu vẫn là Đại Minh, sử gọi là Nam Minh. Tháng 6, truy tôn tổ mẫu Trịnh quý phi là Hiếu Ninh Thái hoàng thái hậu, thân phụ là Phúc Trung vương Chu Thường Tuân là Trinh Thuần Túc Triết Thánh Kính Nhân Nghị Cung hoàng đế (贞纯肃哲圣敬仁毅恭皇帝) (sau lại cải thành [Hiếu hoàng đế; 孝皇帝]), lập miếu tại Nam Kinh gọi là Hi lăng (熙陵).[4] Ngoài ra, ông còn dâng tôn hiệu cho kế mẫu Trâu thị (邹氏) là Khác Trinh Nhân Thọ hoàng thái hậu (恪贞仁寿皇太后), truy tôn sinh mẫu Diêu thị (姚氏) là Hiếu Thành Đoan Huệ Từ Thuận Trinh Mục hoàng thái hậu (孝诚端惠慈顺贞穆皇太后), truy phong 2 em ruột là Chu Do Củ (chết trong khi Lý Tự Thành vây Lạc Dương) làm Dĩnh Xung vương (潁冲王) và Chu Do Hoa làm Đức Hoài vương (德怀王).

Ngày Kỉ Sửu tháng 7, Chu Do Tông khôi phục đế hiệu và truy miếu hiệu, thụy hiệu cho Ý Văn Thái tử, Kiến Văn đế và Cảnh Thái đế [5].